La Sociedad de Oceanografía de Gipuzkoa inicia un proceso para abordar la mejora de las instalaciones del "el antiguo aquarium". Para ello, realiza un concurso de ideas en el que la empresa Sono+Sibina, grupo especializado en museografía y plantea, sin renunciar a los elementos tradicionales, un recorrido novedoso en el que el patrimonio de la Sociedad de Oceanografía de Gipuzkoa se verá realzado y optimizado. Así mismo, "el antiguo aquarium" será reformado por la empresa francesa Coutant, especialista en la construcción de acuarios.

En el año 2009, se abre al público el remodelado edificio del Palacio del Mar, con un renovado y actualizado museo así como la apertura de nuevos acuarios, dedicados a la fauna tropical y una nueva entrada.